Sync Plus 會將隱藏檔案、系統檔案、虛擬機器以及下列檔案和資料夾排除在所有同步作業之外：
macOS 特定排除項目：
- Applications
- Library
- Quarantine
- System
- Toolkit
- Users (例如根使用者資料夾)
- Users/username/Application
- Users/username/Library
Windows 特定排除項目：
- Program Files
- Program Files (x86)
- Program Data
- PerfLogs
- File History
- 以 $* 開頭的所有資料夾
- Toolkit
- Dashboard Backup 資料夾
- WINDOWS
- Users\NERO\AppData\Local
- Boot
- Users\username\AppData
- Users\username\Cookies
- Users\username\Local Settings
- Users\username\NetHood
- Users\username\PrintHood
- Users\username\Recent
- Users\username\SendTo
- Users\username\Start Menu
- Users\username\Templates
- Users\username\Links
- Users\username\Searches
- Users\username\Saved Games
完全相符：
- 「system volume information」
- 「.ds_store」
- 「.trashes」
- 「.trash」
- 「desktop.ini」
- 「.seagateduet」
- 「.toolkit」
- 「.fseventsd」
- 「.com.seagate.duet.ignoredrive」
- 「$recycle.bin」
- 「.volumeicon.icns」
- 「tmbootpicker.efi」
- 「Com.seagate.toolkit.sync」
- 「RECYCLER」
- 「MSOCache」
- 「PerfLogs」
- 「bootmgr」
前置詞：
- 「.spotlight」
- 「.documentrevisions」
- 「.com.apple.timemachine」
- 「.duet.」
- 「start_here_mac」
- 「start_here_win」
- 「.disk_label」
- 「._」
後置詞：
- 「.crdownload」
- 「.partial」
- 「.backupdb」
- 「.bckup」
- 「.vmwarevm」
- 「.pvm」
- 「.pst」
